流放期間，曾經有過一次天下大赦，但沒有他沈佺期。
他痛哭之余，寫下《赦到不得歸題江上石》一詩，其中最后一段寫：“翰墨思諸季，裁縫憶老妻。小兒應離褓，幼女未攀笄。夢蝶翻無定，蓍龜詎有倪。誰能竟此曲，曲盡氣酸嘶。”
沈佺期流放到驩州，是一個人去的，妻子兒女都不在身邊。這次打擊對沈佺期的影響還是很大的。
好在陪著他的，還有詩。沈佺期挺了過來。
這段時間內，沈佺期的作品不再是一團和氣，其中更多了些詩人的真實感情，這些作品也成為他作品中的上品之作。
沈佺期在寄給朋友杜審言的詩《遙同杜員外審言過嶺》中說：“天長地闊嶺頭分，去國離家見白云。洛浦風光何所似，崇山瘴癘不堪聞。南浮漲海人何處，北望衡陽雁幾群。兩地江山萬余里，何時重謁圣君。”
唐人好詩，多是征戍、遷謫、行旅、離別之作，往往能感動激發人意。
遭遇挫折后，沈佺期開始進行有限度的反思，仍堅韌地作好自己，寄情老莊、托意山水，“獨坐尋周易，清晨詠老莊”，坐禪悟道，“處俗勒宴坐，居貧業行壇”，傾向于佛教尋求心靈的安放，“欲究因緣理，聊寬放棄慚”，“吾從釋迦久，無上師涅槃。探道三十載，得道天南端。”
彼時中原盛行的是以神秀為代表的禪宗北宗，主張摒棄情欲、等級、生滅觀念，以達到本性圓明，即所謂“時時勤拂拭，莫使有塵埃”。沈佺期接受的正是這樣的觀念。
在驩州生活了一年多，神龍三年（707年），五十二歲的沈佺期終于接到了赦書。
沈佺期寫下《喜赦》詩曰：“去歲投荒客，今春肆眚歸。律通幽谷暖，盆舉太陽輝。喜氣迎冤氣，青衣報白衣。還將合浦葉，俱向洛城飛。”
沈佺期被召回長安，朝廷給他安排了個臺州錄事參軍職務，但只是過渡性質，沒實際上任。
其實在驩州，沈佺期也就待了一年多，但從被誣下獄開始算，這囚徒一樣的日子足有四年。
此后，沈佺期面前是一條人生坦途：他很快被封為從六品的起居郎，這是個在朝堂上給皇帝言行做筆錄的活兒，是能親近天顏的清要官職。
后來，上官婉兒成立修文館，里面的班底大多是原來的“珠英學士”，于是沈佺期也位列其中，和宋之問一樣，都是“直學士”。兩人又一起陪皇伴駕，四處寫應制詩了。
當時上官婉兒經常攛掇中宗四處宴游，中宗喝得高興了，就開賽詩會。沈佺期等寫下了《奉和春日幸望春宮應制》《奉和立春游苑迎春》《幸梨園亭觀打球應制》等一大堆詩。
有一天，中宗和眾位大臣喝得東倒西歪，大家唱《回波詞》一曲逗樂。這時居然有人公然嘲笑中宗怕老婆：“回波爾時栲栳，怕婦也是大好。外邊只有裴談，內里無過李老。”裴談是當時的御史大夫，也是怕老婆出名的，被這樣打趣，中宗也不以為忤。
趁著沒上沒下的氣氛，沈佺期也靈機一動，乘機向皇帝要官：“回波爾時佺期，流向嶺外生歸。身名已蒙齒錄，袍笏未復牙緋。”
“牙緋”——五品以上才是“緋紅”色的官袍、象牙的笏板，而沈佺期是從六品起居郎，顯然沒資格穿用“牙緋”。在皇帝身邊就是“近水樓臺先得月”啊，中宗歷來心軟，一看老頭也不容易，心一軟就下了旨：賜沈佺期緋袍、魚袋，升職為正五品上的中書舍人。
時隔不久，又發生了中宗暴死、李隆基起兵殺死韋后等重大事件。由于沈佺期經歷過牢獄之災，諸事小心，這場大動蕩絲毫沒有影響到他。沈佺期還是和上官婉兒、安樂公主她們保持著一定距離的。
先天元年（712年），宋之問被唐玄宗下詔處死，沈佺期卻升了官，成了從四品的太府少卿。
這個官是“財神爺”，“掌財貨、廩藏、貿易，總京都四市、左右藏、常平七署。凡四方貢賦、百官俸秩，謹其出納。”是個肥缺，沈佺期應該是比較滿意的。
過了兩年，也就是開元二年（714年），他又做到了正四品的太子少詹事，陪皇太子讀書。
沒多久，五十九歲的沈佺期就因病去世了。
雖然經歷了波折和磨難，但后來這一段仕途，沈佺期卻是青云直上，在官職最高的時候去世，可謂善終于家，備享哀榮。后來他的大兒子沈子昌當了縣令，另一個兒子沈東美官至太守，也算后繼有人。
沈佺期死后歸葬故鄉內黃縣，沈佺期墓在邑西十五里沈村。
盡管作為標準的宮廷詩人，沈佺期的主要創作動機都是贊美歌頌投帝王之所好，并未將創作本身放在第一位，但瑕不掩瑜，他在唐詩發展中的貢獻不容忽視。尤其是他的七言律，在唐詩中可為冠。
“沈宋”的近體詩格律謹嚴精密，史論以為是律詩體制定型的代表詩人。
沈佺期的詩句對后代詩人有一定的啟迪影響。
如他的“君不見昔日宜春太液邊，披香畫閣與天連”，直接關聯出李白的“君不見，黃河之水天上來，奔流到海不復回”；
李白的“云青青兮欲雨，水澹澹兮生煙”，可看作是他“電耀耀兮龍躍，雷闐闐兮雨冥”的翻版；
他寄杜審言的“兩地江山萬馀里，幾時重謁圣明君”，脫化出杜甫的“云白山青萬馀里，愁看直北是長安”；
杜甫的“昔聞洞庭水，今上岳陽樓”，與他的“昔傳漳江路，今到鬼門關”如出一轍。
“老杜律詩，布置法度全學沈佺期。”沈佺期在律詩發展中的地位可窺見一斑。
沈佺期的一生是一場力爭不散的歡宴，一場流水席。無論菜式怎么換、客人怎么來來去去，他都是要安心要坐下去。即使他被迫離席，再回來仍陶醉于此，不管已經如何物是人非。
倘若沈佺期的抱負再大些，不局限于現世安好，可能文學成就會更高。