武士和農、工、商三個階層之間橫著一條巨大的鴻溝。后三者是“普通百姓”，但武士不是。武士的佩刀不僅是裝飾，也是他們特權和地位的象征。在德川時代以前，武士一向有權對普通百姓使用佩刀，而德川家康只不過是用法令的形式延續了這一古老習俗的生命。法令規定：“那些對武士無禮或者對上級不尊重的百姓，可以被就地處死。”德川家康并沒有打算在百姓和武士之間建立起相互依賴的關系，他的政策完全是基于嚴格的等級規定。百姓和武士這兩個階層都由大名領導并且直接聽命于大名。但他們本身處于不同的階梯上，而每個階梯從上到下都有自己的一套法令、規則、管制和互惠原則。兩個階梯上的人們隔著不可逾越的距離。在某些情況下，這兩個分離的階層之間可能會被迫搭起橋梁，但這畢竟不是系統本身的一部分。

在德川時代，身為家臣的武士不僅會舞刀弄劍，還逐漸成為管理大名產業的管家和精通古典戲劇、茶道等和平藝術的專家。此外，他們還負責起草各種文書，并為大名的政治野心出謀劃策。兩百年的和平時期十分漫長，僅懂得舞刀弄劍顯然是不夠的。正如同繞過階層限制，自我發展出了一套追求儒雅、藝術和愉悅的生活方式的商人階層一樣，武士們盡管隨身佩刀，依然發展出了各種和平藝術。

對于農民來說，盡管法律規定不能反抗武士，且在他們身上強加了沉重的貢米賦稅和其他限制，他們還是能得到一些保障。首先，農民擁有土地。擁有土地是威望的象征。在德川政權的統治時期禁止土地永久轉讓。這種法律保障的是個人耕作者，而不像歐洲封建主義的法律，保障的是封建領主。從表面來看，農民可以永久地擁有他最為重視的土地，并且像今天他們的后代一樣勤勞且不遺余力地耕作自己的稻田，但事實上，農民就像阿特拉斯一樣，養活著多達兩百萬人的上層寄生階級——包括將軍的幕府、大名的機構和領取俸祿的武士。他們要交實物稅，也就是支付給大名一定比例的收成。然而，同樣盛產水稻的泰國，傳統稅率是10%，在德川時代的日本則達到40%。而實際稅率可能比這數字更高。在某些藩國，稅率高達80%，并且還要加上無酬勞的強制勞動和工作要求，占用了農民們的精力和時間。和武士一樣，農民的地位也是世襲的。在整個德川時代，日本的總人口基本保持不變。對一個經歷了漫長和平時期的亞洲國家來說，停滯的人口數字足以說明該政權執政的情況。政權對靠賦稅養活的武士和生產者都實行了斯巴達式的嚴厲限制，但上下級之間，還是相對依賴的。人們都清楚自己的義務、特權和地位，如果連這些基本的都被侵犯了，最貧窮的人也可能會反抗。

農民們如果身處極度貧窮中，不僅會向自己的領主，也會向將軍幕府抗議。在德川家族統治的兩個半世紀中，至少發生了一千起此類抗議事件。他們通常不是抗議“40%上繳給君主，60%留給耕作者”這類傳統重賦，而是抗議在這基礎上還額外征收的賦稅。實在忍無可忍的時候，農民會大量聚在一起游行抗議領主，但整個請愿和裁決的過程都很有秩序。農民把希望修正苛政的請愿書遞交給大名的內臣。當請愿被阻攔了，或者大名對他們的抱怨置之不理時，他們會派代表去京城，把訴狀呈送給幕府的將軍。在一些著名的案例中，農民保證請愿書被成功投遞的唯一方式是，趁高官經過京城的街道時，把請愿書塞進他的轎子里。無論請愿書是農民冒著什么風險投遞出去的，將軍幕府收到后都會對它進行調查，而其中一半的裁決對農民有利。

盡管如此，幕府對農民請愿的裁決結果卻可能違背法令和秩序的要求。農民的投訴可能很合理，英明的政府也應該尊重這些投訴，但是，代表農民抗議的首領已經逾越了嚴苛的等級制度。盡管裁決結局有利于農民，可他們的首領破壞了最基本的忠誠原則，而這是不被原諒的。因此無論這種做法多么正義，首領都罪該去死。連農民自己也默認這是不可避免的結局。那些被判死刑的人是他們的英雄。人們成群結隊趕赴刑場，觀看他們的首領被投入油鍋、被斬首，或者被釘上木架，但圍觀的人群絕對不會暴動。這就是法令和秩序。他們會在事后為死者修一座神祠，尊為烈士，但依然認為死刑是他們賴以生存的等級制度不可缺少的一部分。

簡而言之，德川幕府試圖鞏固每個藩國內部的等級結構，并使每個階層都依賴大名。大名居于各藩等級階梯的最高位置，有權對他的依賴者行使特權。將軍最大的行政任務是控制大名。將軍會采取各種手段防止大名們結盟。各藩的官員在邊境上嚴格監視著“出境的女人和入境的槍”，以防止大名偷偷把女人送走或者走私武器進來。若沒有將軍的許可，大名不能隨意聯姻，這樣便可避免由聯姻帶來的危險政治聯盟。藩國之間的貿易也受到阻撓，甚至彼此之間的橋梁都被堵死。將軍的密探總是向將軍匯報各個大名的財政情況。如果發現某個大名的金庫格外充盈，將軍會要求他承擔一些耗資巨大的公共職責，削減他的財力至平均水準。在所有規定中最著名的一條是，每年大名都必須在京城住上半年，就算他回到自己藩國的住所，也必須把妻子留在江戶（東京）作為將軍手上的人質。通過所有這些手段，將軍幕府便可以確保自己一直處于優勢，并且加強自己在等級制度中的統治地位。

當然，將軍并不是這一等級制度的最核心部分，因為他的權力來自天皇任命。天皇和他的宮廷世襲貴族（公卿）被迫隱居在京都，沒有實際權力。天皇的財政資源比那些勢力薄弱的大名還要少，宮廷舉辦的各種儀式也受到將軍規定的嚴格限制。但是，即使是最有權力的德川將軍，也不曾嘗試廢除天皇和將軍的雙重統治。雙重統治在日本不是新鮮事。早在12世紀，一個大元帥（將軍）就曾以被剝奪了實權的天皇的名義實際統治了日本。在某幾百年中，職能的分化更為嚴重，以至于傀儡天皇把實權委托給世襲的世俗領袖，而這個領袖再委托其世襲的政治顧問來輪流行使權力。日本總是對原來的權力進行委托，再委托。哪怕在德川幕府絕望潰敗的末期，佩里上將也沒有料到幕后還有天皇的存在。曾和日本在1858年談判第一個通商條約的美國首任駐日使節哈里斯也是最終靠自己才發現還有一位天皇。