中央政府
低級文職官吏在長期的任職期間，就按上述情況升任左右帝國政策的國家高級大臣。但是漢朝政府的統治經過大約100年后，情況發生了很大變化。統治權從正規的政府高級機關轉移到一個私人性質的尚書手里。由丞相全面領導的那些官署組成的正規機構后來稱之為外廷；盡管外廷通常由職業文官組成，但到了武帝統治后期，許多影響本朝歷史的重要決策都由組成內廷的顯赫人物參與制定。內廷系指組成皇帝隨從的那些人，他們有顯赫的官銜和侍奉他們君主的職責。這些人既有文人也有武人。雖然丞相是正式官員編制中地位最高的，但內廷的領導權由被任命為大司馬的人掌握，他的行政管理權通過尚書施行。這個機構在一開始是一個政府正式官署的下屬機構；當大司馬奉命領導尚書時，他在政府里的實際權力就超過了丞相。前漢的尚書由宦官擔任，到了后漢中期，該機構已發展得大到可以控制六個“曹”了。
漢朝以后的幾個世紀，尚書臺將成為國家政府的主要機構之一。那時將輪到它把相當大的權力轉給一系列新的非正式機構，就像在漢代正規的官署喪失其權力那樣。私人控制的尚書取代正式機構的理由是不難找到的；它可以使皇帝或皇太后不受那些官方的程序和禮儀的限制，因為它們會妨礙這些人獨斷地處理國家事務。在危急時刻和國內戰爭期間，當文官機構的正規官署可能崩潰或無力行使職能時，一個小的、機動靈活的尚書機構對王朝的生存可能是必不可少的。
尚書臺的重要性在公元前46年政治家蕭望之的一次受人注意的講話中可以看到；以下對中央政府基本結構的論述是以《漢書》對各種職官進行的理論上的描述為依據的。政府由兩級組成，即三公和九卿。九卿附有幾個稍低一級的獨立官署；另外還有高級軍事將領和地方政府的官署。三公的職責是議政與監督，負責全面的指導；九卿則負責規定的行政范圍的特殊任務。九卿與三公的各種職責之間有不同程度的交叉重疊之處。
三公這一集體由丞相、御史大夫和太尉組成。三人之中丞相的地位最高，被描述為皇帝的助手，對國家各種事務都有責任。作為“行政的首腦”，上奏給皇帝的公文必經他手，因此他可以行使權力有選擇地上呈下級官員提出的建議。有時同時設兩個丞相，作為分割最高權力的手段。秦漢時期始終設立這兩個職位，太尉的設置遠沒有那么正規，并且在公元前139年曾一度空缺。九卿所負的職責有相當大的差異。太常的任務是掌管國家的宗教祭祀；他的下屬有星象、占卜、音樂等方面的專家。其中的一個官署保存皇帝活動的記錄，從它那里后來產生了國家負責修史的責任。太常還負責接收和考核擔任官職的候選人。
光祿勛掌管大批等待官職的、同時被要求進諫或執行特殊任務的各種顧問人員和廷臣。“衛尉”為皇宮提供保衛安全的禁衛；太仆負責維護帝國需要的運輸工具——車、馬及其裝備。當牧馬的場地難以尋找時，他掌握著長安以西和以北地區專門為此而設立的36所馬苑。
廷尉總的說負責法律程序及各地送來需要他判決的案件。九卿的最后兩位與財政和經濟有關。大司農掌管主要的稅收（用錢和谷物支付的土地稅與人頭稅），稅收用來支付官員的俸祿和供給軍隊需要的給養。大約從公元前120年起，大司農負責執行特定的經濟措施，比如國家的鹽鐵專賣，控制或平抑物價以及運輸。少府負責征收小額稅收，如山川、湖泊的收獲物；少府的職務是維持皇室的生活，因此掌管了一批醫藥和音樂方面的工場和機構。它的輔助機構之一為尚書臺。在三公與九卿的領導下還有許多其他的小型官署。在丞相有效地管理行政工作時，大約有三百多名輔助人員在各種機構為他服務，但后來減少到30人。為九卿中的有些人服務的部分機構相對地說小而簡單。比如，廷尉的助手有一名丞、兩名監（左監、右監）、兩名平（左平、右平）。在有的情況中，則涉及更多的部門。例如太仆，他指揮著十四個機構，各機構配備了自己的令、丞、監和長。各輔助機構之間有相當多的重疊交叉；比如丞相的官署負責挑選官職候選人，執行刑法，管理鹽鐵工業；這些事又都在九卿的管轄范圍之內。
其他獨立的官職，其品級稍低于九卿，其中包括太子太傅，少傅，將作大匠，皇后、太子及皇太后的家庭的管事即詹事和水衡都尉。與九卿同樣，這些官員都有助手和下屬（將作大匠控制著七個官署，每個官署有自己的令和丞，如管理建筑材料倉庫或東苑木材的令和丞）。