在位后期的經濟問題
1279年被證明是忽必烈統治的一個分水嶺。在這以前，他在事業中很少經歷失敗。他粉碎了包括他弟弟在內的所有的反對者。他和他的幕僚建立了以漢人模式為基礎的但不以漢人思想和風格為支配地位的政府。兩個都城上都和大都是良好規劃、實用和美麗的。他精心制定的政策得到他疆域中大部分宗教領袖的贊同。他的軍隊占領了中國的其他地區并且維護了蒙古人對高麗和漠北的控制。他鼓勵創造性的藝術，他招募國內一些最有才華的工匠，為宮廷和貴族階層及對外貿易生產精致的工藝品。他的最明顯的失敗是對日本的半途而廢的入侵，但是他可以文過飾非，把這次失敗歸咎于摧毀他的軍隊的可怕的自然災害——風暴。在他統治的前20年中，所有的其他事務似乎都在平穩地發展。
但是，表象是靠不住的。在表象后面隱藏著一些棘手的問題。一些儒家學者不順從蒙古人的統治，隨著南宋合并到元帝國，他們的不滿更加明顯。南方的學者沒有經歷過外族人的統治，相當多的人最終拒絕與蒙古人合作。忽必烈本人在1279年后開始遲鈍。當時他年近七十歲，受到健康問題的折磨。痛風使他苦惱，令他難以行走。
忽必烈面對的最緊迫問題是財政問題。他的建筑工程、他對公共事務的支持以及他的軍事遠征需要的巨額消耗。為了得到必要的資金，忽必烈求助于回回理財大臣阿合馬。在《元史》中把阿合馬劃歸為“奸臣”中的一個，中國史料和西方史料都責罵他。從1262年后在中書省任平章政事到1282年死去，阿合馬負責國家的財政管理。他首先把登記交稅的戶數從1261年的1418499戶增加到1274年的1967898戶。
但是，阿合馬的政策激起宮廷中一些最重要的漢人的反對。忽必烈的儒家幕僚對阿合馬的權力憤恨不滿，并且指責他牟取暴利，還指責他是諂媚小人，辦事奸詐。13世紀70年代后期，皇太子真金顯然加入了反對他的行列。真金反對阿合馬的兒子和親戚得到顯赫位置。1282年4月10日，當忽必烈在他的陪都上都時，一個漢人陰謀小集團把阿合馬從他的家中誘出并將他刺殺。
然而除掉阿合馬沒有解決忽必烈的財政問題。由于他多次發動對日本和東南亞的遠征，在阿合馬死后稅收需求變得更加緊迫。同時，在13世紀80年代初，忽必烈失去一些他最忠誠的漢人幕僚，包括許衡、姚樞和王鶚；他們都在這個階段去世。他們的去世使得非漢人幕僚有更多的機會影響忽必烈。忽必烈本人的體弱多病與這些麻煩混合在一起，他越來越多地放棄了統治者的責任，這可能是一部分原因。
中國史料指責另一位稱為奸臣的盧世榮利用忽必烈的困難增大自己的權力。阿合馬死后，盧世榮任中書省左丞除了財政問題之外，忽必烈還面臨著南宋與其他疆域的經濟統一的困難。如果忽必烈希望實現其他任何經濟和政治目的，中國必須是真正統一的和中央集權的。忽必烈首先釋放被他的軍隊俘虜的大批士兵和平民，以爭取江南的漢人。接著他發布以恢復中國南方經濟為目的的命令，其中包括禁止蒙古人掠奪農田，并建立貯存剩余谷物的常平倉來保證遇到災害時有足夠的供應。朝廷一般不沒收南方大地主的土地，也不削弱他們的權利基礎，只是在統治集團的上層增加另一個等級——蒙古統治者。征收的農田稅并不繁重，而且在災年會被免除。鹽、茶、酒和一些商品實行專賣，但是由專賣導致的價格不足是難以負擔的。忽必烈推動南方繁榮的另一個基礎是海上貿易。自身利益肯定是這些政策中的動機因素，因為南方的經濟恢復最終將意味著更大的利潤。
盡管他做出努力，南方一些漢人的敵意沒有平息下來，損害著忽必烈的經濟計劃。有好幾次反對蒙古統治的起義，1281年忽必烈的軍隊粉碎了其中的第一次，這是由陳桂龍率領的起義，如果中國歷史學家正確的話，有2萬名造反者被斬首。為了制服福建的另一場更嚴重的造反，朝廷調動了10萬蒙古軍隊。在忽必烈統治結束之前，其他的起義持續不斷。但是大部分抵制蒙古人的漢人不采取這種暴力手段。一些人認為“北人”對中國文明和思想不感興趣，拒絕為蒙古人服務。另一些人找到專門的學術領域追求自己的知識趣味，干脆避免和蒙古人有所牽連。這種反抗使忽必烈和元朝喪失他們急需的專門人才，而連續不斷的騷亂迫使他們在南方駐扎軍隊并造成很大的開銷。總而言之，到忽必烈統治的后期，南方并沒有完全統一，而且經濟問題加上政治分裂在這個地區不斷干擾著元廷。
由于在南方的努力沒有全部成功，忽必烈著手實現滿足北方核心疆域的需要。因為他把首都建在大都，忽必烈需要保證這個新城市中穩定的糧食供應，這迫使他從中國南方更富庶的地區運入糧食，因為大都附近的區域不能生長足夠供給大都的糧食。最初忽必烈依靠兩個在征宋戰爭中協助蒙古將軍伯顏的海盜朱清和張瑄沿著中國的東海岸通過海路向北方運送糧食。1282年他們的第一次海運非常成功，超過90%的糧食到達北方，在沿岸的變化莫測的大海中僅損失六條船。大約有四年時間朱清和張瑄獨攬運送極端需要的糧食的海運，因此他們變為“中國南方兩位最富有和最有權勢的人”。地圖34 元代糧食轉運系統
朝廷決定把大運河延伸到以使船運的糧食可以方便地到達大都。這項工程需要在山東省開鑿135英里長的從濟寧到臨清的運河；商品可以從臨清通過衛河上轉運到離大都不遠的直沽。這樣，糧食可以從長江直接運送到忽必烈的都城。1289年2月完成了這項擴建，并將這條稱為會通河的運河對船運開放。