庾亮到尋陽后，宣太后詔，命溫嶠為驃騎將軍、開府儀同三司，加郗鑒為司空。
溫嶠以蘇峻未平而不接受，同時打算起兵討伐蘇峻，又分兵給庾亮。
庾亮和溫嶠本來互推為盟主而大家都推讓不受，后因溫充推薦征西大將軍—陶侃而決定二人共推之，并派督護—王愆期到荊州通知陶侃。
起初，陶侃因為自己沒有被任命為輔政大臣，所以憤怨而拒絕。
后來，雖然在溫嶠多番勸請下答應，并宣布蘇峻和祖約的罪狀以及派龔登領兵與溫嶠會合，但不久即追還龔登并反悔。
溫嶠唯有再度寫信游說，并以其子—陶瞻之死刺激陶侃，最終才令陶侃感悟，自領兵溫嶠會合。
而徐州刺史—郗鑒所在的廣陵，糧少城孤，又鄰近北方外族政權，因此士民都無堅定守戍的意志。
但郗鑒收到升任司空的詔書后即流涕誓師，要起兵討伐蘇峻，將士都爭相要求參與。
陶侃到尋陽后，眾人都稱，陶侃要殺庾亮以謝天下。
庾亮感到害怕，于是，前去見陶侃并引咎自責。
最終，其表現令陶侃釋懷，反更欣賞庾亮。
于是，討伐軍齊心要進攻建康，平滅蘇峻，西軍遂起兵。
同時，王導以太后密令要三吳吏士起義兵，以援救建康。
于是，會稽內史—王舒命早前逃亡到當地的庾冰行奮武將軍，領兵一渡錢塘江；
吳興太守—虞潭、吳國內史—蔡謨和前義興太守—顧眾都舉兵向應。
至此，三吳的東軍也起兵。
蘇峻知道陶侃領導的西軍起兵后，聽從參軍—賈寧的計謀，由姑孰退守石頭城，分兵對抗西軍各部。
而東軍則派管商、張健和弘徽等拒戰，與虞潭互有勝負，相持不下。
同時，蘇峻又逼成帝遷到石頭城。
之后，毛寶領兵襲擊迎納蘇峻米糧的祖約司馬—桓撫，奪取全部米糧，令祖約更加缺糧。
隨后，郗鑒率眾渡江，與陶侃在茄子浦會合，并與陶侃以水軍直指石頭城。
當時，蘇峻見在查浦的陶侃軍和沙門浦的溫嶠軍兵士眾多，顯得畏懼。
但另一方面，在廣德的桓彝顯得孤立無援，周邊郡縣都向蘇峻投降。
但桓彝堅決不降，后被韓晃擊敗并圍困，最終城陷被俘殺。
東軍方面，蘇峻曾經赦免庾亮諸弟以取悅眾心，但仍派張健、管商、弘徽等人進攻。
起初雖有小勝，但后來庾冰與顧飏皆被張健擊敗，使得吳郡郡城被張健所掠。
后來，顧眾與虞潭也被管商擊敗，分守吳興及柴辟。
之后，虞潭再于吳興戰敗，吳興郡的東遷、余杭和武康都因其軍敗退而被蘇峻軍搶掠。
虞潭派往吳縣的督護—沈伊也敗于管商，這使得抵抗形勢很不明朗。
而一眾西路討伐軍逼近石頭城時就打算作一次決定性戰役，但陶侃認為蘇峻兵強難以爭鋒，打算行持久戰并以智謀擊敗他。
后因多次交戰都無大成果，更筑白石壘固守，由庾亮領二千守軍據守。
不久，蘇峻以萬人來攻，但都不能攻破。
于是，陶侃命郗鑒和郭默還駐京口，建大業、曲阿和庱亭三壘分散蘇峻軍力。
祖約則派遺祖渙和桓撫攻打在馬頭山的桓宣，毛寶領兵救援并成功擊敗對手，令桓宣解困并投歸溫嶠。
之后，毛寶又于東關與祖約作戰，攻破合肥戍。
此時，祖約諸將暗中勾結后趙，作為內應。
于是，后趙派石聰和石堪渡過淮河進攻祖約駐守的壽春。
祖約被后趙軍擊敗，逃奔歷陽，而趙軍則虜脅壽春二萬多戶人北歸。
蘇峻心腹—路永、匡術和賈寧知道祖約兵敗后都感到害怕，于是勸蘇峻盡誅大臣，改立腹心。
但蘇峻敬重王導，不肯接受。
路永等因而對蘇峻離心，反令王導有機可乘，派參軍—袁耽誘使路永歸順。
之后，王導試圖救出成帝投奔義軍，但因守備森嚴而失敗。
于是，王導帶二子與路永逃到白石。
討伐軍與蘇峻軍相持不下，而蘇峻分遣諸將四出攻掠，令群情恐懼。
但溫嶠始終無法擊潰蘇峻軍，反倒兵糧食盡，唯有向陶侃借糧。
但此舉令陶侃十分不滿，更聲言要退回荊州。
溫嶠便以漢光武帝在昆陽之戰和曹操于官渡之戰中以寡敵眾作例子，認為都是因義而勝。
又說蘇峻因小勝而驕，一次挑戰就可一鼓而擒之。
又稱如今猶如騎虎，不能中途下來，若陶侃逆眾意返回荊州，人們會失望喪氣，以至兵敗，那不義之名就會在陶侃身上。
后來，毛寶也勸陶侃留下，更以奪敵糧為約，若失敗陶侃才走。
于是，陶侃分糧給溫嶠。
最終，毛寶成功燒毀蘇峻在句容和湖孰的積糧，令蘇峻軍缺糧，同時也解決了陶侃離開的危機。
不久，蘇峻派韓晃和張健攻打郭默守的大業壘。
當時，大業壘正缺水，人都被逼著飲用糞水。
面對如此困境，郭默畏懼而偷偷出走，只留兵守衛。
在京口的郗鑒軍聽聞作為京口屏障的大業壘被攻打都很驚慌，郗鑒則力排退守廣陵的意見。
同時，陶侃正打算營救大業壘，但長史—殷羨認為陶侃的水軍不孰悉步戰，一旦營救失敗就會令討伐軍陷于劣勢。
于是，反建議陶侃直接攻擊石頭城，讓韓晃等自動退還以援救石頭城。
陶侃聽從并率水軍向石頭進攻，庾亮、溫嶠和趙胤也領一萬步兵由白石南上，向蘇峻軍挑戰。
蘇峻領八千人抵抗，又派兒子—蘇碩和匡孝進逼趙胤，并擊敗他。
蘇峻勞軍后，在醉意間見趙胤撤走，說：“孝能破賊，我更不如邪！”
于是，留下部眾，自領數騎向北突圍，但不成功。
在回白木陂途中馬匹停滯前，被陶侃部將—彭世和李千等以矛投擲，結果墜馬被殺。
蘇峻死后，討伐軍軍心大振，而蘇峻軍潰散。
于是，任讓立蘇逸為主，閉城自守。
韓晃則取石頭，管商和弘徽攻庱亭壘，但被擊敗，管商向庾亮投降。
溫嶠于蘇峻死后設立行臺，命全國二千石以下故吏到臺。
咸和四年（329年）正月，陸曄和尚書左仆射—陸玩，游說匡術以苑城歸附。
匡術答應，于是，附侃命毛寶和鄧岳守城。
而右衛將軍—劉超和侍中—鐘雅則與建康令—管斾等密謀帶晉成帝投奔西軍，但計謀敗露。
于是，蘇逸派任讓領兵入宮收捕劉超和鐘雅。
此時，成帝抱著二人哭著說：“還我侍中、右衛！”
但任讓還是帶走并殺害二人。
趙胤在另一方面派甘苗攻擊在歷陽的祖約，于是祖約乘夜帶左右數百人北逃到后趙，而牽騰及后便開城門投降。
二月，討伐軍進攻石頭城，建成長史—滕含大敗蘇逸。
蘇碩則領數百驍勇渡過秦淮河，與討伐軍作戰，但被溫嶠所殺。
韓晃等人害怕，打算投奔曲阿的張健，但因門狹而令人們不能沖出。
結果，變成了人踏人，死者上萬計。
蘇逸在戰后領一萬多人經延陵湖，入吳興，在溧陽被王允之擊敗被捕，后被殺。
滕含部將—曹據在攻破石頭城后，抱成帝上溫嶠的船，讓群臣朝見。
同時，殺投靠蘇峻的西陽王—司馬羕、彭城王—司馬雄等人，也殺任讓。
在曲阿的張健懷疑弘徽有二心，便將他殺死，自己則帶領水軍到吳興，并與王允之交戰，被擊破。
隨后，張健與韓晃、馬雄等向故鄣前進。
于是，郗鑒派參軍—李閎追擊，兩軍在平陵山相遇，李閎擊敗并斬殺眾人。
至此，蘇峻之亂正式完結。