另一方面，此時日本社會正處于一個欣欣向上的大變革時期，其顯著的特點就是宋朝錢幣在經濟領域的大量流通以及武士階層、農民、工商業者、金融業者各方面之間經濟活動的頻繁發生。與當時社會的繁華氣象相對應，幕府御家人為了負擔奢侈的生活，不惜舉債度日，甚至將自己的所領與莊園都予以抵押。而普通的農民則受到了領主更加殘酷的剝削，正嘉年間的大饑饉期間，各地強盜蜂起，惡黨橫行。這種現象并非是單純一時的景象，而是日本在充滿朝氣的鐮倉武家政權領導下急速前進的反應，處于巨大變革浪潮之中的日本，人們或者逐波逐流為潮流所裹挾，或者為爭奪屬于自己的未來而奮斗，全然沒有意識到另外一個更加洪大的拍打世界的巨浪的到來。
    但是，也并非沒有清醒看世界的人。早在文應元年（公元1260年），日蓮宗的始祖日蓮上人便敏銳地捕捉到了時代的變遷，在《立正安國論》一書中預言了他國入侵，日本內亂的前景，勸說幕府改弦更張，皈依正道。日蓮上人的這些話對于已經完全專制化的鐮倉幕府顯然毫無用處。
    針對當時的社會狀況，幕府一邊發布惡黨鎮壓令來改善社會治安，一邊憑借御家人所領回復令等德政令的手段，以犧牲工商業主和金融業者的利益為代價明確保護作為幕府支柱的御家人的利益。在這樣動蕩的社會環境下，鐮倉幕府必須堅持武家政權的權威，才能繼續維持北條執權的統治地位。正因為如此，鐮倉幕府根本沒有可能在對蒙古的交涉中輕易低頭，否則幕府的威權頃刻間便會崩塌。忽必烈和忻都都自恃武威，對于島國日本的強硬態度不能理解，他對于日本國內激蕩昂揚的社會狀況的了解是非常不夠的，對于日本堅持抗戰的決心也沒有充足的體會。
    就在最初的蒙古使者到達日本的文永五年（公元1268年），接獲蒙古國書以后，日本朝廷尚在進行繁冗討論的時候，幕府便已經向西國的御家人下達了警戒令。文永八年（公元1271年）東國的御家人在幕府的動員下陸續前往九州戒備，第二年二月九州當地的御家人開始在筑前、肥前一帶的沿海巡邏警備（異國警固番役）。與此同時，九州的御家人一方面強化武備，一方面也加強了對領內惡黨的鎮壓。
    文永九年（公元1272年）十月，幕府開始調查各地領主、守護的領地以及莊園公領的土地數目，以便掌握各地的軍事動員力和經濟力，為全面的抗戰進行準備。調查的同時，也一定程度上抑制了御家人買賣領地的行為。
    憑借與蒙古抗戰的契機，北條執權不但攫取了朝廷在西國的行政權力，在幕府內部和社會文化領域也采取了強硬的統制政策。當年北條時宗捕殺了有不穩跡象的異母兄弟北條時輔，并將對幕府持批判態度的日蓮流放到了佐渡。
    鎮壓惡黨，控制守護，抑制、封殺異己分子，實行全面警戒，通過諸多手段，鐮倉幕府從一開始就抱定了徹底抗戰的決心。
    北條時宗強硬的態度一來表示幕府堅決抗戰的決心，二來也是為了壓制異國入侵以來武家政權所面對的尖銳矛盾。
    元軍入侵時，九州的御家人武士積極參戰，固然是為了保衛自己的領地，但是許多西國，甚至東國的武士團體也奮勇爭先，先后前往九州參戰。對于這種積極的態度的解釋當然不能膚淺地用所謂“保家衛國”的真理來搪塞，事實上這種現象與鐮倉幕府的御家人制度有著深刻的關聯。身為御家人的武士階級與作為武家政權代表的鐮倉幕府之間并不僅僅是一個簡單的主仆關系，幕府與武士之間的根本關系其實是建立在“御恩”和“奉公”之上。幕府根據武士在戰場上的表現給予領地的封賞稱為“御恩”，武士為了獲取“御恩”必須忠實地承擔他的“奉公”義務。
    然而對于抵抗蒙古入侵來說，因為是純粹的防御戰爭，不能象之前的源平戰役和承久之亂那樣沒收戰敗者的領地來獎賞那些奮勇前驅的武士們。而那些冒著蒙古人如雨箭矢，轟天火炮，拍馬向前，單憑手中的一柄短刀和一腔熱血呼喝著慷慨赴死的武士們，取得了戰功卻不能獲得期望中的封賞，他們的失望情緒可想而知。
    另外，鐮倉時期起，武士家族為了家族的壯大，往往采取嫡長子繼承的惣領制度，一族的領地只有嫡長子才能繼承，其他家族子弟或者放棄武士身份參加農業勞動，或者作為嫡長子的家臣卑躬屈膝，再或者就只有出家為僧了。那些心有不甘的子弟要想出頭，唯一的晉身途徑就是為幕府效力，獲取幕府御恩來換取自己的領地。但是這場抵御外敵的戰爭使這條唯一的途徑也堵死了，武士階層對幕府上層深深地失望了。
    由于這種不滿，武士們相互之間出現了對立，各地武士出現了為領地而爭斗的現象。武士們對負責戰場直接指揮的各地守護也有了不信任感。為此幕府特別發布了要求守護與武士同心防御異國入侵的命令。
    九州失陷后，鐮倉幕府以異國防御為借口，大幅更迭了各國的守護。其中有六國守護是幕府執權北條一門，其他的新任守護也都是親近北條氏的親族。自北條時賴以后，北條氏逐漸加強了在幕府中的專制支配的權力，在元軍入侵的期間，這種北條氏專權的集權統治已經到了露骨的地步，北條氏與身為鐮倉幕府支柱的御家人之間的摩擦不斷顯現，這一不可調和的矛盾日益將鐮倉幕府拖向了沒落的泥潭，也預示著這場戰爭的失敗。
    在元軍占領九州之后，日軍曾組織水軍，對元軍發動過兩次進攻，都被張禧輕易擊敗。意識到雙方戰斗力的差距后，日軍不再進攻，而是開始全力構筑防御工事，等待元軍的進攻。