雖然旗艦的廝殺看似勢均力敵，但勝負的天平已漸漸向宋軍傾斜。
交趾水軍左路軍原本試圖增援中軍，此時已經面臨自身難保的窘況，這時兩艘宋軍大艦如旋風般出現在戰場中心，成功阻斷了阮蒯旗艦與后方交趾水軍戰船的聯系。援軍再也不能順暢地登上阮蒯的旗艦了。阮蒯不得不就地轉入防御。阮蒯的兩個兒子只能眼睜睜地看著父親緩緩陷入重圍。中路戰場的另一側，交趾水軍軍使武寧試圖襲擊高虎的座船，他身先士卒，不料卻被一發火銃射出的彈丸命中，當場陣亡，其部下的士氣頓時崩潰。在接舷戰中，訓練有素的宋軍長矛手顯示出特別的威力，他們組成長矛方陣在甲板上徐徐推進，碾壓一切，敵人或命喪矛頭，或只能跳海逃生。由于距離過近，劃槳手已經失去了作用，交趾水軍戰船上的槳手雖未經訓練，卻也士氣高昂地跳出船艙作戰，口中高呼：“殺北蠻！”但他們也很快便被宋軍擊敗，慘遭屠戮。
雙方旗艦的短兵相接已持續了兩刻鐘，交趾水軍嘗試著發起了第二波攻勢，但被宋軍密集的火力所阻止。這時岳綸手持重劍加入戰場，不料混亂中大腿被一支箭射中，但沒能洞穿鎧甲，因而沒有受傷，岳綸回頭發現旁邊的交趾水軍旗艦上阮蒯正用弓弩向他射擊，他冷笑了一聲，沒有去拔箭，而是揮劍加入戰斗，有如絞肉機般的接連斬殺了十余名交趾官兵。
隨著援軍逐步到位，交趾人承受了越來越大的壓力。這時又一艘宋軍大戰船開始向岳綸靠攏，并用其強大火力擊退了一切妄圖接舷的對手。交趾水軍將領陳光啟雖然竭盡全力，但此時他的座船尾舵被擊毀喪失了動力，本人也已經掛彩，加之懼怕宋軍的火炮和銃箭，便扔下主帥，獨自上了一條小船撤離戰場。其麾下戰艦上的交趾水軍士兵們紛紛投降。阮蒯已經陷入了絕境。他的兒子們孤注一擲，準備援救父親，但依然未能如愿。
此時那艘增援的宋軍大戰船緊貼阮蒯的座船，用密集的火力將它的甲板“耕耘”了一遍，整個上層建筑都被轟擊得支離破碎。岳綸順勢組織了反攻。最后的決戰在交趾水軍旗艦的船樓附近展開。當手下士兵為了躲避彈雨紛紛跳海時，阮蒯還在用弓箭頑強戰斗。由于他身上奪目的服飾，因而遭到了宋軍重點“照顧”，最后被火銃射出的彈丸擊倒，一名宋軍士兵砍下了他的首級，并扎在矛尖上示眾。于是，戰場響起了勝利的歡呼，而阮蒯座船上的“陳”字大黃旗和阮蒯的軍旗落下，代之以宋軍的旗幟。交趾水軍的士氣完全崩潰了。
宋軍中軍開始掃蕩整個戰場。阮蒯的兒子們全部被俘，余下的殘部或投降或逃竄。出于對交趾人復仇的渴望，宋軍士兵對大多數交趾殘兵及俘虜毫不憐憫，大部分漂浮在海面的敵方落水者均被處死。接著，他們又大肆搜刮了戰利品。雖然這是一場大勝，但勝利后宋軍士兵們的表現明顯有違儒家“仁義”精神。
勝負已分，宋軍將士開始大肆搜刮交趾人留下的戰利品。此時的海面一片狼藉，到處是燃燒、傾覆的船只，更有一些四處游蕩的“幽靈船”（其船員已全部陣亡），讓人不寒而栗。
雖然血紅的海面有如地獄，但宋軍將士們卻興高采烈——戰利品實在是太過豐厚，因為交趾人，尤其是交趾將領們，總習慣隨船攜帶大量金銀錢物以便隨時犒賞部下，激勵士氣。僅在阮蒯的座船上，宋軍就搜到了銅錢5萬貫，以及大量的金銀細軟。
在不過一個時辰的戰斗中，交趾軍超過40000人被殺，近300艘大小戰船被毀，100余艘各類船只被俘獲。其中，交趾人俘虜僅有2500余人，多為貴族子弟和女子，大部分的俘虜都被宋軍處決。相比之下，宋軍的傷亡很小，約有1200余人戰死，700余人受傷。在戰斗中，宋軍的大中型戰船沒有損失，僅有12艘哨船被毀沉。
打掃戰場完畢之后，宋軍繼續登陸，由于沒有了交趾軍的抵抗和干擾，僅用了一個時辰，宋軍陸軍全部上岸完畢，并將大量火炮也運到了岸上。
與此同時，僥幸逃得性命的交趾軍陳光啟盡力收容了零散突圍的交趾軍戰船，經過清點，整個交趾水軍只剩下12艘戰船和33艘小船。
范五老目睹了整個白藤江之戰的過程和交趾水軍的覆滅，鑒于宋軍已經上陸，他不敢輕舉妄動，只好帶著部下百余人隱蔽于附近的山林之中，直到太陽落山才趁宋軍沒有發現他們悄悄的離開。
“這一次就算把制海權奪過來了是吧？”葉楚楚聽了戰報之后，對孫琿說道，“我覺得他們再不可能有同樣規模的水軍了。”
“應該是就這些了。”孫琿點了點頭，“可能還有些殘余力量，但已經不可能對咱們構成威脅了。”
“孫哥，你怎么知道海灣里有他們埋伏下的那么多木樁子？”肖甜甜偏著頭問道。
“是啊，孫哥，你怎么知道的那么清楚？”王琳琳也好奇的問道。
在宋軍船隊到達白藤江口時，孫琿下令停止前進，讓肖甜甜和王琳琳利用她們的力量，將交趾軍事先布置在灣口的裝有鐵尖的木樁盡數拆除，而岸上的那兩座對宋軍登陸至關重要的棧橋，就是她們倆用這些木樁“廢物利用”后的杰作。
“歷史上宋軍征越和元軍征安南，都是在這里吃了木頭樁子的大虧的，這一次再不吸取點教訓，可就說不過去了。”孫琿笑著告訴她們，在原來的歷史上，宋軍征越時劉澄部水軍就在白藤江為越人打下的木樁所阻而失敗，后來元軍征安南，也是在這里吃了越人名將陳國峻布下的帶鐵尖的木樁的埋伏，損失慘重。