《佛渡有緣》從大將石慕云（金超群飾）開始敘述。石慕云軍功赫赫，自然在戰場上殺人無數，自感罪孽深重，希望剃度出家，不料住持不愿意收他為弟子，石慕云只好自行剃度，改稱石頭和尚。
　　隋末朝廷黑暗，貪官污吏數不勝數。一日，一名黑衣女子刺殺坐轎而行的一個貪官，被其手下刺傷，石頭和尚出手救了她，并表示如此怎殺得盡貪官。黑衣女子卻道，她無父無母，無牽無掛，對這些貪官能殺一個是一個。石頭和尚被感動。后精通醫術的石頭和尚又救了一個身懷絕癥的女子。兩名女子堅持要拜石頭和尚為師，石頭和尚無奈只得答應了，但他要求兩人放棄俗家名字，改名為阿舍（楊麗菁飾）、阿得（徐靜蕾飾），然后教阿舍武功，教阿得醫術。
　　石慕云昔日好友——大將江成楓逐年老去，膝下有一子一女。兒子江小樓（楊仲恩飾）初掌兵權，得意非凡，犯下了一個致命的錯誤——濫殺無辜，屠殺趙村的所有村民，只有趙根（盧星宇飾）死里逃生，發誓要為全村人報仇。
　　江小樓自以為掌握了兵權，其實這一切都被將軍石濤（王剛飾）控制著。石濤有一義子石驚天（邵峰飾），本性善良，因礙于母親的命令而答應為石濤辦三件事，其中一件就是三個月內保護石濤的安全。
　　趙根自不量力報仇，被抓了起來。阿舍、石驚天因同去救趙根而相結識，一見鐘情，為日后埋下了剪不斷、理還亂的情絲。石濤放了趙根，并交給他一隊烏合之眾，要求他去報仇，目的是要打擊江成楓一家，并添加自己的軍功。
　　石驚天向阿舍表白自己的心意，不料阿舍因為害怕受到傷害而居然拒絕。石驚天誤以為阿舍對趙根有情而愁眉不展。石驚天曾救過一對苗疆兄妹冷炎（王冰飾）、冷雨（苗紅飾），雖名為手下，實情同兄妹，尤其是冷雨早已對主人暗生情愫。
　　江小樓在苦竹精舍經石頭和尚指點決定收斂，不濫殺無辜，同時也愛上了阿舍。但阿舍早已心系石驚天，怎會接受江小樓？江小樓認為一個黃毛丫頭都不把他放在眼里，隨隨便便就拒絕了他，回家自暴自棄。小妹江小嬋勸他不能輕言放棄，要讓阿舍慢慢感覺他的好。江小嬋找到趙根，表示愿意犧牲自己，請求他放過兄長。不料趙根得到了她卻翻臉不認人，轉將江小嬋送給石濤。石濤對自己的新夫人十分滿意。
　　江成楓上門要女，石濤拒絕，并謊稱江小樓已經戰死，江成楓被活活氣死，夫人徇情。石頭和尚氣憤至極，與阿舍夜闖侯爺府。三個月期限未到，石驚天不得不阻止了阿舍進侯府，卻阻擋不住武功高強的石頭和尚。但礙于普渡眾生的和尚身份，石頭和尚打傷了石濤，卻下不了手殺他。石濤大笑：阿舍可以殺他，卻被石驚天阻擋接近不了他；石頭和尚可以接近他，卻下不了手殺他。
　　江小嬋假稱給石濤買藥，到了阿得所開的藥店內，終于得知自己雙親的慘死。她將一副祖傳的藥方交給阿得，阿得看出有一味藥不對，不愿害人，但提醒江小嬋可去別處補上最后一味。江小嬋佩服阿得的醫術，抓完藥，回侯爺府煎藥。生性多疑的石濤并不接受江小嬋的藥，江小嬋自己先嘗了一口，石濤才終于喝下了毒藥。臨死之前，江小嬋穿上孝服，為父母發喪。狡猾多端的石濤怎么也想不到自己竟死在一個不懂武功的弱女子手上。
　　惡戰終于開始，江小樓與趙根一一對決，約好決不牽聯手下。在兩敗俱傷以前，江小樓與趙根的仇恨終于化解，趙根決定隱居，不問世事；江小樓決定投奔李世民，真正干一番大事業。