文官系統(tǒng)確定下來之后。接著就是軍隊糸統(tǒng)。而首先改變的，是軍隊的名稱。
    由于以前商毅只是一方的割據(jù)勢力，為了增加軍隊的歸屬感，保障自已對軍隊的絕對控制力，因此才叫做商家軍。但現(xiàn)在商毅己經(jīng)正式稱王，并且己經(jīng)形成一個獨立的政權(quán)機構(gòu)，說是國家，也不為過，如果還叫商家軍，仍然脫離不了軍閥的味道。
    商毅決定將軍隊正式分為陸軍部和海軍部兩個編制，統(tǒng)一稱為中華軍，而陸軍也稱為中華虎賁軍，海軍則稱為中華伏波軍。
    這二個名稱也得到眾人的一致贊同，因為中華是中國、華夏的合稱，自古可以代表中國以及漢族。因此取“中華”兩字，就意味南京政府的目標(biāo)是奪取天下，并非偏安一隅。也能體現(xiàn)商毅己經(jīng)實質(zhì)是一個一方君主的事實。
    虎賁在中國古代，是是守衛(wèi)王宮、護衛(wèi)君主的專職軍人，也可以指軍中的勇士、猛將。而伏波的本意就有降伏波濤的意思，伏波將軍則是古代對將軍個人勇武能力的一種封號，用這兩個詞分別稱呼陸軍和海軍，不僅十分貼功，而且也可以充份說明出中華軍強悍無敵的一面。
    軍隊的名稱確實之后，商毅也正式下令，將中華虎賁軍按照湖北軍區(qū)的模式，在全軍內(nèi)部設(shè)立軍區(qū)，做為中華虎賁軍的最高軍隊組織，在目前的勢力范圍中，成立山東、中原、江西、湖廣、南京五大軍區(qū)。各軍區(qū)的最官員為軍區(qū)司令員，司令部中可設(shè)副司令員一到兩名，參謀長一到兩名，副官六到八名，警衛(wèi)隊一到兩個連。
    各軍區(qū)下設(shè)軍編制，每個軍的額定編制將分兩個師、兩個師、一個旅或一個師、兩個旅三種，各軍過去的番號依然保留在各軍區(qū)中，其余將加設(shè)新的番號。另外每個軍區(qū)都要編制一個騎兵師、旅和特種師、旅。
    各軍區(qū)的設(shè)制是：
    山東軍區(qū)司令部設(shè)在青州，由原來的第四、五軍組成，司令員周少恒，副司令員童大勇、、蔣義渠；參謀長唐鎮(zhèn)、鮑銅鋼。下設(shè)四個軍：總兵力十萬七千人。
    第四軍：軍長滕胤玉，轄第二師、第十一師、第二旅。
    第五軍：軍長喬克裕，轄第八師，第十師、第七旅。
    第九軍：軍長馮進，轄第十四師，特種兵旅、第四旅。
    第十軍：軍長章一平，轄騎兵師、第十二旅、第二十七旅。
    山東是商毅最初起家的地方，在占領(lǐng)浙江之后，一直都沒有放棄，到現(xiàn)在己經(jīng)逐步發(fā)展成總兵力超過十萬的大部隊，由其是山東軍區(qū)的主將周少桓，不僅能夠領(lǐng)軍，而且在內(nèi)政方面也做得同樣出色，山東軍區(qū)己經(jīng)形成一個初步能夠自己自足的地區(qū)，而且盡管過去山東軍區(qū)一直相對獨立存在于商家軍的系統(tǒng)內(nèi)，但軍區(qū)幾名首領(lǐng)對商毅仍然保持著相當(dāng)高的忠誠度，對商毅一直敬服不己，在山東地區(qū)也處處模枋商毅的行事作風(fēng)，因此也贏得了一個“小督師”的外號。
    雖然在清軍南征時，山東軍區(qū)并沒有打什么大仗，盡管一直主要擔(dān)任的牽制、吸引清軍力的作用，但對商毅的命令執(zhí)行卻十分堅決，從來沒有報怨挑剔過。這也和周少桓的耐心勸說、解釋分不開。而且在商家軍跨海突襲遼東的時候，山東軍區(qū)是擔(dān)突襲艦隊的橋頭堡和大后方的雙重作用，并且也派遣兵力參與了這次突襲任務(wù)，也可以說，如果沒有山東軍區(qū)的協(xié)助和配合，這次突襲作戰(zhàn)也無法取得成功的。
    隨著現(xiàn)在南京政府的勢力己經(jīng)擴大到了中原地區(qū)，而且和山東戰(zhàn)區(qū)也重新打通了陸地的聯(lián)絡(luò)，在未來對清軍的作戰(zhàn)中，山東軍區(qū)仍然是一支不可缺少的力量。
    淮南軍區(qū)，司令部設(shè)在鳳陽，由原來的第一軍組成，司令員成進，副司令員趙英杰；參謀長尤洪亮。下設(shè)四個軍：總兵力九萬八千人。
    第一軍：軍長蘇建林，轄第一師、第五師、第二十九旅。
    第十一軍：軍長程培經(jīng)，轄第七師，第二十師。
    第十五軍：軍長程培經(jīng)，轄第二十四師，特種兵旅、第一旅。
    第十八軍：軍長黃繩武，轄騎兵師、第五旅、第十九旅。
    在兩次清軍南侵的戰(zhàn)役中，淮南軍區(qū)都是擔(dān)任著主力部隊，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功勞，司令員成進，己經(jīng)成長為一各出色的指揮者，可以算是商毅手下的頭號猛將，在下一步對清廷的作戰(zhàn)中，淮南軍區(qū)仍然是中華軍的絕對主力。
    江西軍區(qū)，司令部設(shè)在贛州，由原來的第二軍組成，司令員羅遠斌，副司令員王信；參謀長劉伯濤。下設(shè)三個軍：總兵力七萬二千人。
    第二軍：軍長吳禮林，轄第三師、第三旅、第八旅；
    第十二軍：軍長劉遠報，轄第四師、騎兵師；
    第十六軍：軍長鄭廣明，轄第六師第九旅、特種兵旅江西軍區(qū)的實際范圍并不僅僅只是江西一省，南京政府的南部地區(qū)，使南京政府在與清軍作戰(zhàn)時，沒有后顧之憂。而如果平定了北方之后，江西軍區(qū)也將成為進攻南方的先頭部隊。
    湖廣軍區(qū)，是由湖北軍區(qū)加上駐守湖南的第三軍合并而成，司令員李定國，副司令員楊武丞；參謀長李牟。下設(shè)四個軍：總兵力十一萬二千人。
    第六軍：軍長李漢軍、轄第九師、第十八師、第十六旅；
    第八軍：軍長黃慶文，轄第十師、第十五師、二十二旅；
    第十三軍：軍長黃向東，轄騎兵師、十九師，二十八旅；
    第十七軍：軍長李元胤，轄特種師、第六旅、第十七旅，在新的軍區(qū)編制中，湖廣軍區(qū)的兵力最多，這是因為湖廣軍區(qū)同時于清廷、吳三桂、永歷朝三方接壤，因此面臨的局面也最復(fù)雜，不過經(jīng)歷了獨守黃州的歷練之后，李定國也顯示出了自己的名將潛質(zhì)，因此商毅也十分放心的將湖北地區(qū)防守任務(wù)交給他。
    南京軍區(qū)也是五個軍區(qū)中最小的一個，是由從過去的湖北軍區(qū)中，分離出的第七軍為主組成，司令部就設(shè)在南京，主要的任務(wù)就是保衛(wèi)南京、杭州兩地。司令員段鵬，副司令員何沖；參謀長張達江。總兵力為五萬人。下設(shè)二個軍：
    第七軍：軍長田楚，轄特種師、三旅、二十一旅；
    第十七軍：軍長張立東，轄二十五師、騎兵旅、三十三旅；
    這樣五個軍區(qū)總計下來，中華虎賁軍的總兵力為四十五萬左右。而商毅計劃，在擴充二到三個軍，使總兵力超過五十萬，另外再擴充十到十五的后備年，那么以后對清廷和南方作戰(zhàn)，也就基本足夠了。
    而海軍的編制就相對簡單一些，中華伏波軍的司令部設(shè)在杭州，另外在山東登州、蘇州南通和臺灣基隆也都設(shè)有海軍基地。司令員成鋼、副司令員黃震、以下仍是五個海軍分艦隊，一個西班牙雇傭兵艦隊，和三個長江分艦隊。
    目前海軍部共計擁有各種艦船三百零七艘，主力戰(zhàn)艦有一百七十七艘，分別為一級戰(zhàn)列艦一艘，二級戰(zhàn)列艦六艘，三級巡洋艦四十七艘，四級稱為驅(qū)逐艦七十八艘，五級護衛(wèi)艦五十五艘；輔助戰(zhàn)艦一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型戰(zhàn)艦；另外還有飛剪船十八艘。
    海軍部的總兵力為五萬七千人，其中包括基地后勤人員有一萬四千，海軍戰(zhàn)斗人員有二萬八千、水手、技術(shù)人負一萬五千。
    不過各艦隊的最高長官將稱為分艦隊司令員。如果海軍有出戰(zhàn)任務(wù)，由多個艦隊聯(lián)合組成作戰(zhàn)部隊，將臨時任命以聯(lián)合艦隊司令官，指揮作戰(zhàn)。
    由于跨海突襲作戰(zhàn)取得完美的成功，因此人們的觀念也在逐漸轉(zhuǎn)變過來，這才完全理解商毅當(dāng)初堅持要大力發(fā)展海軍是多么有先見之明，對海軍的作用也日益和重祀起來。
    以目前海軍部的規(guī)模來說，保護現(xiàn)在的中國沿海，以及威助震懾清廷的沿海、周邊的日本、琉球、仍致菲律賓地區(qū)也是基本足夠了，但想將南京政府的海上勢力擴展到更遠的巴達維亞、澳州、甚致是印度地區(qū)，就顯得有些不足了。畢竟中國的海岸線太長了，保護起來也需要龐大的兵力和艦隊。
    而且商毅也知道，清廷也己經(jīng)開始建造戰(zhàn)船，發(fā)展海軍，雖然說清廷的海上基礎(chǔ)十分薄弱，不僅缺少相關(guān)的技術(shù)人員，就是船員、水手也嚴(yán)重不足，加上海上觀念更為落后，因此建立一支強大的海軍，決不是二三年就能完成的事情，但也不能不防，畢竟清廷有了海軍之后，也有可能從海上向南京發(fā)動偷襲。
    好在是收復(fù)了南京之后，江南造船廠對開始重新生產(chǎn)大型戰(zhàn)船，因此商毅也決定，在明年把海軍部編制出第六支分艦隊來，使主力戰(zhàn)艦的數(shù)量達到二百艘以上，并且尋找機會，開始向南方海洋擴展勢力。
    </br>