戰爭的危脅暫結束，而吳三桂也表現得非常恭順，給足了大清面子，多爾袞復出之后的第一把火總算是燒得不錯，也受到了不少好評.因此多爾袞的地位也暫時穩定了下來。
    多爾袞當然清楚，現在清廷最大的危脅還是商家軍，雖然說清廷己經認同了和商毅講和，但這只是清廷單方面的想法，商毅是怎么想的，還不好說。因為多爾袞并不知道，商毅其實也有停戰幾年的打算，因此在沒有一定的把握之前，多爾袞也不會輕意啟動和商毅講和的程序。免得自討沒趣。
    同時多爾袞也明白，講和同樣也是靠實力支撐，從現在形式來看，商家軍是停止進軍只是受制于淮南的**，只要是安定好了淮南地區，商家軍隨時可以再向清軍發動進攻，最多只能保持到今年結束的時間。也就是說，無論雙方講和成不成功，清廷必須要在今年剩下的七個多月里，做好迎戰商家軍進攻的準備。
    這時洪承疇己經在榆林招募了八千多人，并且開始按商家軍的訓練方式，開始訓練了兩個多月。不過目前清廷面臨的最大困難是兵力不足，現在清廷的兵力大體分布為：遼東還牽制著清廷十余萬大軍，因此在河南、淮北一線的駐防兵力只有十萬左右，由其是在河南，兵力只有四萬多人。再加上山東的七萬，清廷在邊境的兵力競不足十八萬。而目前清廷的可調之兵，不足十萬，而且都是駐守各地方的二三流部隊，不僅戰斗力不能保證，而且也極不可靠。
    因為在南征失利之后，八旗精英幾乎完全損喪，現在滿州八旗的全部剩余兵力加起來，還不到三萬，其中山東的阿巴泰手里有一萬，京師三大營約有一萬五千，而在河南、淮北一線競不足五千。而漢軍八旗也損失了近三分之二，只有蒙古八旗的損失稍好一點，這主要還是因為這次南征蒙古八旗參與的兵力并不多。
    在滿蒙漢八旗中，蒙古八旗的地位要高于漢軍八旗，而且清廷和蒙古的關糸也明顯要親近一些，但在清廷入關之后的征戰中，蒙古八旗出戰的時候并不多，在另一時空里，最著名的蒙古族清將還是二百多年以后的僧格林沁。
    而原因就在于蒙古族的人口并不多，在清廷入關之前，滿蒙漢八旗制度己經完善了，滿洲八旗共三百零九個牛錄；漢軍八旗共一百五十七個牛錄；而蒙古八旗只有一百一十七個牛錄；是最少的一個。另外蒙古內部，也不是鐵板一塊，不滿清廷統制的勢力，也大有人在，經常叛亂，因此清廷一般也很少抽調蒙古旗丁出戰。
    雖然現在擴軍己是在所難免的，但多爾袞的目光，主要還是放在滿漢八旗，但清廷主要還是以滿州八旗為基礎，要擴軍首先是要把滿州八旗恢復建制。
    但滿族目前的總人口數還不到二百萬，而且二次南征，損失己有近十萬，都是旗內青壯年男子，現在旗內所剩的適齡男子，己不足三十萬，而且素質也遠遠不如當初。因此多爾袞只能下令，滿州八旗內所有十五歲以上，四十五以下的男子，全都要參加測試，合格者即可以升為旗軍，然后參加軍事訓練，另外八旗內的包衣、跟役也都可以參加測試，合格者可以免除包衣身份，升為正式旗丁。而測試成績優秀的，可以被選入三大營，身份比旗兵更高一級。
    這樣一來，也擴大了八旗兵力的來源，同時也基本斷絕了隨軍的包衣、跟役，使八旗兵變成純粹的國家軍隊，而不再是部落散兵。
    同時清廷的營軍編制也正式完成，分為護軍營、前鋒營、驍騎營三個大營。另外還設親軍營，步軍營，鍵銳營，虎槍營、善撲營五個小營。各營均設統領、參領、校衛、士兵四級，兵源主要是以滿八旗為主，并從蒙古八旗中抽調少量精銳組成。總計滿圓的兵額約在十八萬左右。這差不多是目前八旗可以編出的最大兵力了。
    當然到了這個時侯，蒙古八旗也必須派上用場，因此多爾袞也決定，將蒙古八旗擴充到一百八十七個牛錄，使蒙古八旗的兵力達到五萬左右，加上蒙古其他各盟旗，使蒙古總兵力達到八萬左右，也極大的擴充了清廷的兵力來源。
    而在漢軍的編制，多爾袞也決定，除了漢軍八旗恢復建制，并擴充到二百零八個牛錄，使漢軍旗總兵力超過六萬。同時將非八旗的漢軍，從中選出精銳，統統編成綠營，并且擴大綠營的兵力，使綠營的總兵力，達到三十萬左右。也成為擴編最大的清廷編制。
    綠營的兵制分標﹑協﹑營﹑汛四種﹐總督﹑巡撫﹑提督﹑總兵所屬的綠營只稱為標﹐副將所屬稱為協﹐參將﹑游擊﹑都司﹑守備所屬稱營﹐營以下又分為若干汛。每汛設千總﹑把總等官職。每標﹑協管轄一至五個營不等；每營的人數少則二三百人﹐多則六七百人。
    綠營補充的兵力來源，首選是關外的遼東漢人，正好現在遼東遭到商家軍的破壞，造成了大批無家可歸的難民，也為清廷擴制綠營，提供了足夠的兵源。其選山西、北直隸、河北一帶的北方漢族人。
    因為在南征的后期，和湖北戰役中，清軍都出現了大規模向商毅投降的情況，這也讓多爾袞對明朝的降兵降將，由其是南方的降眾非常不放心。而相對來說，北方的漢族人要比南方的可靠一些。而且現在商毅的勢力己經擴大到中原復地，因此河南、山東、陜西這三個省的漢人都不考慮。同時一但被選入綠營之后，家屬全部都接刦北京地區來安居，這樣也有利于對這士兵的管理。
    最后才是各省的地方駐軍，約有二三十萬左右，其本都是綠營選拔淘汱下來的士兵，以及各地當地的鄉兵、民兵等，只是做駐守地方，維護治安所用，在正式戰場上，只是當作輔足兵力。
    這樣一來，清廷的總兵力將達到八十到九十萬左右，幾近百萬，其主力兵力將達到六十萬，分別為滿蒙漢八旗軍三十萬，綠營軍三十萬。從人數上說，是足夠了。
    軍隊的建制就這樣制定下來，多爾袞又下令各八旗、營制部隊，都要開始進行嚴格的訓練，同時從滿旗各旗抽調出一千五百人，蒙漢各旗各抽一千人，八旗各營抽出二萬人，綠營抽出一萬五千人，加上洪承疇招籌的八千士兵總計兵力為七萬一千人，開始進行以使用火器為主的新式訓練。這也是清廷未來的希望所右。
    當然各營都有各營的統軍將領，而且也不是駐扎在一起，洪承疇和他招降的商家軍只是擔任教官，分派到各地去付責督促各營旗部隊的訓練，而直屬于洪承疇管轄的部隊，還是只有先前的八千人。畢竟多爾袞是不可能把這么一支重要的軍隊，全部教給洪承疇一個人來管理。
    同時多爾袞又下令，在北京正式成立神機司和火藥司兩個部門，并清廷各地征集鐵匠、木匠，火藥工匠，并種各地收集鐵礦石，全力制造火炮、火銃等武器，配制火藥，保證新軍訓練使用的供應。
    而商家軍突襲遼東，也給清廷敲響了一下警鐘，以后來自海上的危脅，也不能不防，因此多爾袞又決定，除了在沿海要加強守備之外，還要建立一支大清的水軍，于是又在遼東沿海的地區招募水手，建造船只。
    不過在建立水軍方面，清廷可以說是一點經驗也沒有，因此多爾袞也十分頭疼，好在是現在在北京軟禁的鄭芝龍是這方面的專材，于是多爾袞也下令，封鄭芝龍為津門水師提督，付責造船，練水軍事務。不過鄭芝龍是被清廷連蒙帶騙加要挾，其實是給挾持到北京來，清廷也不敢對他完全信任，名議上是水師提督，實際上也就是一個顧問，什么實權都沒有，而且走到那里都有人監視著。
    鄭芝龍心里也明白，因此也只好繼續隱忍，等待時機。但清廷的水軍就在磕磕絆絆中，開始組建起來。
    在練兵的同時，多爾袞到也沒有忘了恢復農業生產，因為清廷的財政己經到了快來崩潰的邊緣，而且打仗本來就是國力的比拼，沒有足夠的糧食，清廷也無法與商毅斗下去。
    洪承疇雖然是屯田大使，但實際的任務是練兵，因此需要重新選一個人來全面付責全國的屯田事務。多爾袞迭擇的是范文程。
    通過這次復出的風波之后，多爾袞也重新認識到范文程的價值，老臣就是臣，至少在治國理政方面，整個大清還沒有人能和范文程相比，就連洪承疇也是遜色一籌，特別是在現在的局勢下，更要充份發揮范文程的作用。因此多爾袞也下令，由范文程全面付責全國的屯田事務，除兵部外，其他吏、戶、禮、刑、工五部，都必須全力配合，不得掣肘。
    而范文程在沉寂了數年之后，也又一次取得了當權者的信任，走上淸廷政治的前臺。
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