林家會議的第二天，林之泊帶著一肚子氣，啟程上路，到南京赴職.而就在同一天，商毅也帶著朱媺娖姐妹兩人，從南京返回，到達(dá)杭州。同行的當(dāng)然還有宋應(yīng)星。
    等一切歡迎的應(yīng)酬結(jié)束之后，商毅立刻招集葉瑤瑱、周世奇、成進(jìn)招開秘密會議。葉瑤瑱現(xiàn)在是商毅的替手，而周世奇、成進(jìn)分別代表了商家軍在浙江的民政、軍隊兩方面的最高付責(zé)人，可以說這四個人，就是目前商家軍的領(lǐng)導(dǎo)核心。
    商毅首先把南京之行的經(jīng)過說了一遍，告訴他們，南京朝廷己經(jīng)基本認(rèn)可了商家軍在浙江的勢力范圍，也就是說商家軍在浙江，等于是一個半獨立的割據(jù)勢力，類似于唐朝中后期的蕃鎮(zhèn)軍閥。同時商毅也直言不違，清軍是一定會大舉南下的，而南京朝廷根本就不能倚仗，因此抵抗清軍，保衛(wèi)家園，只能依靠自己。
    其他三人中，葉瑤瑱早就明白商毅的打算，而成進(jìn)對政治所知還不多，一切也是唯商毅的馬首是瞻，而周世奇則是通過自己的觀察，也估計到商毅會走上這一步，雖然他心里對商毅的作為有些不大自在，但現(xiàn)在整個周家也已經(jīng)和商毅捆綁在一起，只能跟著商毅一路走下去。而且南京發(fā)生的詳細(xì)情況也通過情報人員，都發(fā)回杭州，說實話周世奇也對南京朝廷不抱任何希望，想要擋住清軍，必須依靠商毅來指揮。
    接下來商毅也做出決定，以后商家軍就將立足于浙江發(fā)展，準(zhǔn)備迎戰(zhàn)即將要南下的清軍，并且還要保證對山東戰(zhàn)區(qū)的支援。對南京朝廷，雖然保持著臣屬關(guān)系，但對南京干涉浙江的行為，鄀將堅決的回?fù)簟＿@也就是商家軍以后一段時間里的行事原則。
    隨后幾個人又計議了一番具體的準(zhǔn)備方案，這才各自離開。
    第二天，商毅招集商家軍的全體人員，做出了一系列人事制度的安排調(diào)整。
    在行政方面，商毅巳經(jīng)建立起一個比較完善的行政班孑，并且現(xiàn)在也發(fā)揮了很大的作用，到是不需要大動，只是做一些局部的補充。
    首先將王夫之調(diào)到行政部，因為隨著商家軍的勢力擴(kuò)大，以后行政部的工作會越來越多，僅靠周世奇一個人，肯定顧及不過來。王夫之加入商家軍集團(tuán)，己有大半年的時間了，不僅適應(yīng)了工作，而且能力基本得到了全體人員的認(rèn)可，還在文書司里工作，顯然是有些大材小用，讓他做周世奇的助手，才能更好的發(fā)揮能力，而且以后行政局的人數(shù)還會逐步增加。
    接任文書司主事，商毅也正式任命，由李巖擔(dān)任。這個決定出乎很多人的預(yù)料，因為文書司是直接對商毅付責(zé)的機(jī)構(gòu)，商家軍的許多政令，都是由文書司傳達(dá)，這么重要的位置，任命一個剛投降的人擔(dān)任，確實讓人想不到。但現(xiàn)在商家軍也真缺少文職人員，除開了王夫之，能擔(dān)任文書司主事的人選，真的還不多。再加上又是商毅親自指定，因此也沒有人反對。
    李巖的妻子，紅娘子也被商毅任命為巡撫府的內(nèi)務(wù)主管，也就是付責(zé)保衛(wèi)府里的女眷，如果商毅的妻妾中有人出外辦事，就將由紅娘子擔(dān)任護(hù)衛(wèi)。也算人盡其用。
    而李巖夫妻知道自己都被商毅委以重任，也十分感激，因此也都決定盡心盡力為商毅效力。
    隨后商毅又決定，増設(shè)二個新機(jī)構(gòu)。
    一個是商業(yè)司，歸屬在行政司以下，甴李格非出任主事。
    浙江本來就是中國商業(yè)最發(fā)達(dá)的地區(qū)之一，在商業(yè)上也大有潛力可挖，因此規(guī)范商業(yè)行為，制定統(tǒng)一有效的商業(yè)制度和完善的商業(yè)稅收，也是非常有必要的，那么就需要一個專業(yè)的行政機(jī)構(gòu)來進(jìn)行管理，商業(yè)司也就應(yīng)需而生。商毅本來打算讓林之洋來出任主事，但林之洋考慮到和商毅連姻之后，自己就是商毅的岳父泰山，也該避一點嫌，因此也挽言謝絕，改推薦李格非。
    商毅也知道李格非也是一個非常有見識的人，而且他還有海外的生活閱歷，商業(yè)行為有很大一部份都在海外貿(mào)易上，因此李格非也是一個非常合適的人選。
    其他人對這個新機(jī)構(gòu)并沒有什么異議，因為浙江地區(qū)的商業(yè)氛圍很濃，而且商毅旗下的產(chǎn)業(yè)也越來越多，確實需要一個專門的機(jī)構(gòu)來管理。商家軍進(jìn)駐浙江之后，林家也幫了不少忙，也得到了許多人的好評，因此商毅任用李格非，也沒有反對。一來商毅和林鳳舞訂婚的消息也在杭州公布，李格非也等于是林之洋的心腹，二來李格非本來就是商人，這也是讓專業(yè)人管專業(yè)事。
    另一個是監(jiān)檢司，負(fù)責(zé)對浙江的各級官員進(jìn)行監(jiān)督檢查其貪污、受賄、瀆職、作風(fēng)等行為，也就相當(dāng)于后世的紀(jì)檢委或廉政公署。
    隨著商家軍在浙江的統(tǒng)治穩(wěn)定下來，商毅手下各官員的權(quán)力也都會隨之?dāng)U大，而權(quán)力的擴(kuò)大，必然就自造成各種營私舞弊的現(xiàn)像發(fā)生，在權(quán)力的面前，絕不能把希望寄托在每個人的自律上必須要有一個有效的監(jiān)查機(jī)構(gòu)，來監(jiān)督檢查官員們的行為和工作。畢竟每一個貪官都是從小貪開始，逐步走向大貪的。
    商毅不懷疑目前自己手下的官員對自己的忠誠度，但忠誠不等于廉潔和奉公，想依靠他們的忠誠度來保持自律是癡心妄想。因為人都有自私性，如果能夠利用手里職權(quán)為自己謀取一些利益，相信絕大多數(shù)人都很難抵擋得住這種誘惑。更不要相信體制的受益者就會例外，因為毎一個貪官污吏其實都體制的受益者，都會擁護(hù)給予自己權(quán)力的體制，但這并不妨礙他們會以損害體制的利益來填滿他自己的腰包。哪怕這樣做會最終毀滅這個體制。
    以前商家軍的規(guī)模小，而且從一開始，商毅建立了完善的財務(wù)制度，又有審計機(jī)構(gòu)，因此到現(xiàn)在為止，商家軍內(nèi)部沒有發(fā)生大的營私舞弊事件，但小貪小污依然時有發(fā)生，己經(jīng)處理了五六起。當(dāng)然這種小打小敲的事情，也是不可能完全避免，只能發(fā)現(xiàn)一起，處理一起。但規(guī)模擴(kuò)大以后，僅靠審計司也不夠，何況審計司也只能管得住財務(wù)，管不用職權(quán)，因此設(shè)立一個監(jiān)查機(jī)構(gòu)，也是完全有必要的。
    監(jiān)查司將由商毅直接管理，主事是郝君俠。他原來是北京的戶部主事，非常忠于職守，盡職盡責(zé)，雖然在商家軍中的資勵不夠，但從另一個方面看，和任何一方也沒有什么深交，在相當(dāng)程度上也保證他的公證性，因此出任監(jiān)查司的主事非常合適。從權(quán)力上說，監(jiān)查司擁有調(diào)查權(quán)、問責(zé)權(quán)、臨時拘捕權(quán)，但沒有審判權(quán)。當(dāng)然監(jiān)查制度還要在試行中慢慢完善。
    兩個新設(shè)的大機(jī)構(gòu)就這樣確定下來，最后，在農(nóng)業(yè)司下面，商毅又設(shè)立了土地局和糧食局這兩個次一級的部門。
    在掌握了浙江的權(quán)力之后，商毅對內(nèi)的下一步計劃就是清丈土地，查實田產(chǎn)，一方面是使毎一戶都有自己的土地，穩(wěn)定社會局面，也為以后安置難民做準(zhǔn)備，另一方面也是做為以后稅收的依據(jù)，多田產(chǎn)者多交，少田產(chǎn)者少交，保障稅收的公平性。因此也需要成立一個專門的部門來管理這方面的工作。
    而糧食是戰(zhàn)略物資，自從到了浙江以后，商毅就一直在儲備糧食，現(xiàn)在儲備的各種糧食己經(jīng)超過了七十萬石，不僅如此，商毅還打算把整個浙江的糧食都實行計劃控制，以便在戰(zhàn)時進(jìn)行統(tǒng)一的安排和分配，因此也需要一個專門的部門來管理。
    行政機(jī)構(gòu)上的調(diào)整暫時只有這些，而接下來，就是對軍隊機(jī)構(gòu)進(jìn)行調(diào)整了。
    在軍隊中，商毅也設(shè)立了三個新的組織，憲兵隊、情報處、安全處。
    商家軍成立至今，除了取得赫赫戰(zhàn)功之外，另一個值得稱道的地方就是軍紀(jì)嚴(yán)明、秋毫無犯。但商毅也知道，隨著軍隊的擴(kuò)大和組成復(fù)雜，在軍隊內(nèi)部，也同樣需要一個監(jiān)查機(jī)構(gòu)，來管理監(jiān)督軍隊的違紀(jì)行為。憲兵隊就是這樣一個機(jī)構(gòu)。
    憲兵隊是由最早加入商家軍，又沒有犯過錯誤的老兵組成，屬于那種思想覺悟很高，而且對商家軍的名聲和榮謄都非常重視的人。任務(wù)就是處理商家軍的士兵以及預(yù)備兵、達(dá)標(biāo)兵的違紀(jì)行為，當(dāng)然還有冒充商家軍的流氓無欶。憲兵隊擁有抓捕、審問、處罰的權(quán)力。同時商毅在規(guī)定，任何士兵都不得與憲兵隊發(fā)生沖突，必須服從憲兵隊執(zhí)行任務(wù)，否則都按違紀(jì)處理。
    情報處的作用就是刺探敵人內(nèi)部的信息、秘密等，除商家軍以外，其他任何勢力都將是情報處工作的對像，目前商家軍己經(jīng)開北京、南京都建立起情報網(wǎng)絡(luò)，以后還要逐漸擴(kuò)大到所有大型城市中去。情報處的負(fù)責(zé)人是吳漢生。
    安全處的功能正好和情報處相反，他是對內(nèi)的機(jī)構(gòu)，就是保證商家軍內(nèi)部的安全，甄別和抓捕敵方的情報人員，阻止敵方人員在商家軍控制區(qū)內(nèi)的破壞活動。
    現(xiàn)代人對這兩個機(jī)構(gòu)都不陌生，就躉特工組織，在后世的許多國家，這兩個機(jī)構(gòu)實際都合二為一了。如美國中央情報局、俄羅斯的克格勃，當(dāng)然還有著名的007。而這個時代令人聞風(fēng)變色的錦衣衛(wèi)，也屬于這類機(jī)構(gòu)。只不過錦衣衛(wèi)的名聲太壞了，商毅也不打算使用，還是自己另起爐灶，陪養(yǎng)屬于自已的特工人員。
    商毅在穿越之前，雖然只是特種兵，不是特工，但有許多任務(wù)，特種兵都要和特工密切配合，也和特工一起進(jìn)行過多次交流和反恐演習(xí)，并且也一同執(zhí)行過幾次任務(wù)，因此商毅對特工的訓(xùn)練方法和工作方式也有相當(dāng)?shù)牧私猓虼艘捕ㄏ聨讞l用人標(biāo)準(zhǔn)，讓周琦和吳漢生馬上去招募一些人員來。
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