在其他各項工作進行的同時,軍隊的統計工作也完成了.目前商毅手下一共有正規軍二萬二千四百五十七人，民兵及少年軍八千三百七十八人。另有戰馬六千五百七十三匹，各種火銃二千零四十八支，大小火炮計三十四門。各種盔甲計有三萬四千五百佘件，刀槍盾牌等武器四萬五千多件。
    而經過了唐鎮和孫和斗對士兵們詳細解釋，成為正式士兵之后能夠亨受到的優惠條件，加上這一段時間以來，穆陵軍連續獲勝，商毅也從未苛刻士軍的軍餉，有不少士兵都覺得當職業兵其實也不錯，而且還有相當一部份士兵和清軍有仇，覺得跟著商毅，有希望報仇，因此絕大多數人都想繼續當職業兵，紛紛報名。當然也有一部人不想再當兵了。一切都以他們自愿的原則進行。
    最終有一萬八千七百五十二人愿意繼續從軍，其余的人，就則都全部轉為民兵。而商毅也馬上開始著手，對全軍的編制進行一番大的整編。
    軍隊的編制方法，在戚繼光所著的［紀效新書］里有過詳細的說明，現在的明朝軍隊，也基本都是按照戚繼光的方式來編制軍隊。但商毅顯然不打算釆用這種通常模式。
    其實就在清軍退兵之后，商毅就以經在考慮重新編制軍隊的問題，他的目地是要把自己的軍隊，打造成一支全新的軍隊。因此準備借鑒后世的軍隊的班、排、連、營、團、旅、師等分級的建制來編制軍隊，以表示和這個時代的其他軍隊的區別。
    當然雖然在后世，世界各國幾乎是全部釆用班、排、連、營、團、旅、師等分級的建制來編制軍隊，但俱體編制的人數，并沒有一個定論，不僅是在不同的國家各不相同，而且就是在相同的國家，在不同的時期，也是不一樣的。商毅也沒有必要去死搬硬套。在這幾天的時間里，以經完全考慮成熟了。
    因此唐鎮和孫和斗將統計出來愿來從軍的人數上報給商毅之后，商毅立刻招集全軍的主要將領，招開軍事會議，并將自己制定出來的建制向眾人宣布。
    按商毅制定的軍隊建制，以十人為一班，設班長一名、副班長一名；五個班為一個排，設排長一名，副排長一名；四個排為一個連，設連長一名、副連長一名；四個連為一個營，設營長一名，副營長一名；四個營為一個團，毎個團設團指揮部，團長一名、副團長一名、團參謀長一名，文書二名，團部警衛班一個，由十人組成。兩個團為一個旅，三個團為一個師。若干個旅師組成軍團或縱隊，但目前的建制只到團級為止。而各級軍官也都從以前各大隊、小隊的隊長、以及有戰功的士兵中選撥。
    本來按商毅的想法，還計劃引入后世共和國軍隊的政治委員這一職位，在連、營一級設立政治指導員，團級以及未來的旅、師、軍團、縱隊設立政委，以加強對全軍的政治思想教育和控制，但目前自己手頭上缺少有文化并接受自己思想觀念的軍事人員，另外在大明朝還在的情況下，在軍隊中設立政治委員這樣的職位，也過于敏感了，因此商毅只能暫時取消這個打算，等以后再說。
    對商毅這的安排，眾將都沒有意見，一來商毅在眾將心目中有很高的威信力，他的意見在一般情況下，都沒有人會反對。二來在這個時候，天下大亂，軍隊的編制方式其實也沒有一個嚴格的規定，而團長、營長、連長這類叫法都是各級軍官的名稱，和官級大小并沒有關系，因此眾將雖然都覺得很新鮮，但并沒有什么不妥的地方。
    這樣一來，全軍目前共分為五個團、毎個團的標準人數為三千三百八十三人，可以成為一個獨立的作戰部隊。另有兩個獨立營，毎個營的標準人數在八百四十二人。
    各團的軍官人選分別是：一團團長唐鎮、副團長蔣義渠、參謀長鮑銅鋼；二團團長周少桓、副團長童大勇、參謀長黃震；三團團長成進、副團長成鋼、參謀長趙英杰；四團團長王信、副團長趙英豪、參謀尤洪亮；五團團長羅遠斌，副團長劉伯濤、參謀長趙拓。
    兩個獨立營分別為騎軍營和偵察營，騎軍營的營長由楊武丞出任，而偵察營的營長為周琦、副營長為吳漢生，四個連的連長分別是何沖、田楚、張達江和段鵬。
    按照商毅的計劃，每個團的備配為兩個全火槍兵營；一個火炮營，擁有火炮二十到四十門左右，由一個炮兵連操縱火炮，一個鋪助連，使用其他火器，另有一個火槍兵連，付責保護火炮，并使用其他火器，一個騎兵連，付責偵察敵軍動作，為火炮提供射擊方向，另外每一門火炮將配驢馬三到四匹，包括有炮車一輛，彈藥車一輛；剩下的一個營為后勤營，付責運輸物資和后勤保障。
    騎兵營為全騎兵編制，每名士兵配兩匹戰馬，作戰時會根據戰事的需要，臨時編入所需要的其他各團中或著獨立作戰。而偵察營也會根據戰事的需要，分散為連排單位，向其他各團提供偵察人員。
    當然目前穆陵關的火炮和火槍數量都不足，只能一個一個團來實現，計劃將在這一年內逐步補充齊全。這樣毎個團將擁有火槍一千八百支左右，超過全團半數，這也是商毅所希望達到的目標，未來自己的軍隊，將是以火器為主要武器。
    因此商毅也要求孫和鼎立刻擴大槍炮房的規模，至少要達到每月制造火槍三百到五百支，火炮十到二十門的水平。同時也要求火藥作坊和木工作坊，加緊制造火藥、車輛等。
    同時商毅又重新制定了軍官士兵的餉銀標準，士兵被分成三個等級，分別為初級列兵、中級列兵、高級列兵。每月的餉銀分別為三兩、四兩、五兩白銀。班長是八兩、副班長七兩，排長十二兩、副排長十兩，連長為十八兩、副連長十六兩，營長為二十四兩、副營長二十一兩，團長為三十兩，副團長、團參謀二十七兩，文書十兩。
    當然士兵的餉銀支付也是在十兩白銀以內，可以自選是白銀或是米支付，毎石米拆價按二兩白銀計算，超出十兩白銀的部份，一率用白銀支付。另外士兵所分到的田地的租金，則是全以白銀支付。
    而士兵的等級劃分，暫時以從軍時間長短為標準，現在穆陵軍的士兵大體分為三類，一是從民團時代是跟著商毅的士兵，這批士兵從軍的時間最長，訓練最系統也最嚴格，經歷的戰斗也很多，經驗也最豐富，同時也最受商毅信任，這批士兵現在一共有兩千四百多人，新編制的班長、排長等中下級軍官有很多都將從他們中間選拔，而其余的也全部都提升為高級列兵。
    第二類是在商毅守衛穆陵關時陸續招募，這批士兵從軍的時間也不短，經歷過一段時間的嚴格訓練，基本都參加過與清軍的歷次作戰，也有相當的作戰經驗，除了少數立下過一定功勞的士兵提升為高級列兵，其余全定為中級列兵。
    第三類就是在守衛濟南府時，從難民中招募，也包括一部份原來的青州兵，這類的人數最多，有一萬二千多人。都經歷過濟南戰役，也算見過大陣仗，但訓練時間不長，基礎普遍不足，因此還需要一段時間的嚴格訓練，他們全定為初級列兵。
    士兵的分級暫時就是這樣確定，商毅本還打算引入后世的士、尉、校、將的軍銜制度，但目前的條件還不允許他這樣做，因此也暫時只定了士兵的三個等級。而低級的士兵可以通立戰功，或者是通過測式，升級為中高級的士兵。商毅規定毎年都會舉行一次士兵等級測式，考核通過的士兵，都可以得到晉升一級的機會。
    而商毅對軍隊又做出了另一項大的改變就是取消了自己軍中的跪拜禮節。
    來到了這個時代之后，商毅最反感和最不習慣的就是下跪叩頭禮節。因為做為現代人，商毅除去在極少數特殊時候，比如祭奠去世的先輩、英烈，或者是結婚慶典這種場合，在其他時候，對無論是什么原因的下跪行為都非常排斥，無論是自己給別人還是別人給自己下跪，或者是看到別人給別人下跪，都很不適應。
    在商毅看來，下級對上級下跪，絕對是一種不正常的關系行為。雖然在目前，有些時候他也不得不對別人曲膝下跪，但至少可以取消在自己軍隊里的跪拜行為。于是將所有的下跪禮節改成了行軍禮。而且還是采用立正站好，右手四指伸直并隴，斜指在太陽穴邊的后世的軍禮。同時也規定，下級給上級敬禮之后，上級必須還禮。
    對于這一點，穆陵軍的眾將都覺得非常意外，因為在他們的觀念里，下級給上級下跪，是天經地義的事情。不過商毅取消下跪，只是在本軍隊中，而且耍說有受損的，反而是商毅自己，既然商毅這么決定，其他人也只有尊行了。
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