這南明大軍攻入京師后，大順軍節節敗退。最后的結局以李自成的投降而告一段落，朱由崧順理成章地登上了皇位，他下令將李自成斬首示眾，重新還都京師昭告天下。齊家三兄弟由于立下大功，被冊封為大將軍，相國公歸順也被推舉為文淵閣大學士。自此南明大軍數日之內，連續攻克大順軍所統轄的區域。統治盛秋大地約一年半載之久的大順王朝宣告滅亡。

南明繼續沿襲大明帝制，朱由崧完成了一統天下的任務，結束了農民軍執政的局面。正統皇室血脈得到了續傳，可百姓似乎感覺到潛在的危機感。南明將都城從應天府遷往京師，一時之間轟動了京師百姓。大家紛紛攘攘心想著這大順王朝被推翻，大明又死灰復燃不知往后日子怎么過。其實這是正常不過的想法，前朝的不作為和損害平民利益，早已建立在老百姓的印象中無法抹去。大順王朝存在的這段時間，百姓們生活雖說不是繁華富貴，但也衣食無憂。

朱由崧哪能兼顧這些雞毛蒜皮的問題，他一心只想把大明基業發揚光大。根本不曾顧及老百姓們的生活狀態，也許是遷都的緣故，他始終沉浸于高興的氣氛里無法自拔。自古帝王都是如此，一旦拋棄君民舟水論，就注定要落敗，無論怎樣的下場，歷史是最佳見證者。遷都之后就開始實行全城戒備，一發現有反動的聲音就直接扣押。百姓哪能被突如其來的打擊堅挺住，但迫于形勢人人自危，苦不敢言。因為這大明軍密探有無數雙耳朵在聽，一有風吹草動朱由崧立即收到風聲。好似這場景就像錦衣衛行事一般，只不過不再冠以此名。

朱由崧深知有些東西不可全盤吸收，只是稍作調整加以改造。這就是所謂的取其精華，去其糟粕。例如，先帝所使用的剝草酷刑，灌湯刑等這些喪失人性的陋習全部廢除，改以比較文明的刑罰。表面上說是大修典法，實則是換湯不換藥，有過之無不及。平頭老百姓怎么能直面這隱晦的一面，懾于淫威只能忍氣吞聲，視而不見。

朱由崧而且還有個不可告人的秘密，他幻想長生不老。秘密吩咐他人煉制丹藥專供自己食用，這一習慣在應天府就有只不過沒人知道而已。朱由崧由于沒有子嗣，他也一直苦于糾結是何緣故。據太醫診斷是服用藥劑過量導致生理問題，可他還是不管不顧繼續享受著自己的千秋美夢。隨著時間推移，朱由崧身體每況愈下，甚至于有時出現嘔血的現象。這時他才開始意識到身體才是革命的本錢，打那以后他斷了念想。當身體還在的時候不懂的好好愛惜，一旦失去金山銀山都換不回來。

時至今日，老臣們也開始漸漸凋零。相國公被冊封為文淵閣大學士，實際上只是一個閑職。他早已厭倦了多年來的打打殺殺，內心開始歸于平靜，上書告老還鄉卸甲歸田。